民國五十四年，花蓮縣政府為實現縣辦初中之目標，派吳水雲先生籌設花蓮市第一縣立初中。次年三月經台灣省政府核准成立，是為本校之前身。民國五十七年政府實施九年國民義務教育，本校奉命易名為「花蓮縣立美崙國民中學」至今。
本校校地都六甲有餘，皆為海砂地質，初創時，不但怪石嶙峋，荊棘叢生，每逢冬季東北季風襲來，更是飛砂走石，疾呼狂嘯。其間歷經首任吳水雲校長、六十二年二月接任的劉國光校長、六十九年三月繼任的江耀坤校長、七十二年八月接掌的曾慶裕校長等，率全體師生胼手胝足，克難經營有成。八十一年八月洪富盛校長接續第五任校長後，八十四年、八十五年爭取中央經費上億，做校舍改建之設計。八十五年八月第六任吳慶佳校長接掌後，重建工作，招標發包施工，宏偉的校舍，家庭化的教室，於焉完成。八十八年八月前任校長李偉麟接掌第七任校務，一秉承先啟後，繼往開來的精神，隨同全體師生展開對環境之規劃，雖歷經九二一大地震之洗禮，仍以人定勝天、天助自助的創意規擘，深獲社會賢達之贊助、社區資源之支持，得以對道路之開闢、庭園之綠化美化，做群策群力之整治，而得有今日之規模。
今吳校長接任以來，更因應時代之變遷，與全體教職員之配合教改腳步，積極推動全人教育及多元智能教學。並以「行政制度化、決策民主化、教學適性化、學校社區化」為四大方針，與全體同仁共建「樂觀進取，追求卓越」的學校願景，在「敦品勵學」的校訓裡，協助每位學子培養帶得走的能力，期盼在祥和的校園氣氛中，都能快快樂樂的主動求學，自我肯定，成長茁壯。
