本校前身為花蓮縣立宜昌國民中學水璉分部，因學區內水璉村就讀學生減少，故於民國八十八年廢校，同年八月一日於此一校地正式設置水璉國中籌備處。本校始於民國八十六年開始規劃並籌備，目標在協助因家庭變故而中途輟學或有中途輟學之虞的學生安定就學，使其能順利成長為健全之公民。
水璉國中是一所全新的學校，所在地水璉村社區民風淳樸，學校距離花蓮市區23公里，經由台11線(花東海岸)公路，約30分鐘車程可抵達學校。校地面積2.6公頃，背山面海，風景秀麗、環境清幽，招收家庭發生變故或家庭功能失調而有中輟之虞或已經中輟的國中學生，讓學生接受精緻、活潑、另類的適性教育，幫助學生確立積極的人生觀、習得基本知能才藝，造就學生成為能適應社會之中堅人才。
