本校之前為吉安中學新城分部，於民國五十三年奉縣府核准設立，始因時間匆促，校址未及勘定，乃暫借北埔國校教室兩間，辦理招收新生兩班約八十餘人，由於事事草創，乃權宜上課一學期，作為以後努力以赴之伊始。
五十四年春，吉派事務主任蕭志仁先生兼本校校政，其人崇公務實，首先安定內部，注重教、學、做兼施，不旋踵校務漸趨常軌，學生秩序井然，讀書風氣因而提高。爰即進行戡校興建事宜，同年五月間，縣府撥付增班經費十數萬元，隨即著手興建教室三間，歷時三月竣工，至九月中，乃全部遷入新址上課。十月間，又興建第二期教室兩間，校門一座，宿舍一幢，廁所一棟等，迄五十五年元旦次第落成，於是百廢俱舉，氣象為之一新，分部之設置，亦奉令正式核准。
五十五年秋，極物力維艱中，又興建特別教室兩間，至五十六年春完工。計本校之設立，前後為時三年，所有校舍之擴建、操場之整理、教學之設備等，無一不逐步走向完成獨立設校之目標，現在本校規模稍具，學生數共六百餘人，教師數量亦較前增多，素質顯著提高，於人於事，堪臻至善之境。由於蕭志仁先生精心擘劃，成績卓著，本校乃得於五十七年春，奉准獨立為花蓮縣立新城初級中學，蕭先生亦奉省教育廳令，榮任第一任校長。同年一月，延長國民教育為九年，本校遂於八月間，改稱縣立新城國民中學。
民國六十九年八月一日，蕭校長奉令他調，由潘松根先生接任校長。到任後一本光大本校前途之理想，積極爭取各方支援，並向省縣爭取經費，籌建體育館一座，校務各方面益蒸蒸日上。雖然本校班級數因當地學生來源不多，且間雜其他因素，致發展緩慢，但全體師生精誠合作，其中蘊涵深厚潛力，瞻望前途，勢必燦然可觀焉。
民國七十六年八月廿八日潘校長奉命接掌宜昌國中，由劉家水先生接掌本校，繼而前任校長各項建設，從事校園美化綠化工作，並且加強各項校務推展，期使校務能蒸蒸日上焉。
民國八十二年三月，劉校長榮調宜昌國中；同時代理本校校務。同年八月十九日，省教育廳派方冬平先生接任本校第四任校長，到校伊始，稟於政府實施九年國教之旨意，與全體同仁精誠團結，互切互磋，提昇學生讀書風氣；加強學生生活教育；本求精求實之精神，作日新又新之努力，惕勵辛勤，克盡職責，以繼續開拓本校之前途。
民國八十八年二月二十日方校長榮調花崗國中。張居聰先生接任本校第五任校長，在原有基礎之下，綜理校務。積極秉持教改精神，致力於推展「小班小校」精緻教育、激發學生潛能，以期適性發展。改善教學環境並加強綠化美化工作、經營學區總體營造、結合學校、家庭、社區力量，務期答到學校社區化、社區學校化之目標，實現「全人教育」之理想。
民國九十二年三月五日，謝麗華校長接任本校第六任校長，秉持服務的精神，積極營造溫馨祥和風氣，互相尊重、體諒、支持與協助；改善教學環境及設施設備，提昇資訊能力，鼓勵老師創新教學、提昇品質、追求卓越；肯定學生多元智慧與能力，因材施教引導潛能發揮，培育健全務實的公民為目標。
