本校於民國四十四年秋創辦，初為省立花蓮女中分部，四十九年十一月改制為花蓮縣立吉安初級中學，郭寶祥先生為首任校長。五十七年實施九年國教，改為花蓮縣立吉安國民中學。溯自創辦至今四十餘年，歷經郭寶祥先生、李慕懷先生、曾慶裕先生、洪富盛先生、李文成先生、及簡富雄先生及盧鎮岳先生等諸位校長及教職員工之努力，奠定了良好的基礎，目前環境優美宜人，體育館、教學大樓及行政大樓巍然矗立，教學設施逐漸充實，學生在春風化雨薰陶下，皆身心健全，樂觀進取。
現任校長李明華先生，於民國九十二年八月到任，除秉持優良傳統繼續發展校務外，並極力配合九年一貫課程之推展，與全校同仁致力「全人教育，多元發展；尊重關懷，健康快樂；主動積極，團隊合作；宏觀卓越，樸實學風。」的學校願景之實現，期使吉安國中成為一流的學校，學生的樂園。
