本校創立於民國三十五年五月二十二日，名為縣立白沙初級中學，校址設於白沙鄉赤崁村，孫鳴先生為首任校長。三十八年秋，改為澎湖縣立補習學校，課程仍如初級中學規劃，徐冬濟、鄭捷、郭日熙三先生先後接掌補校。
四十四年冬，王文國校長任內改制為澎湖縣立初級中學。四十七年七月，杜家驤繼任。四十八年，盧明星先生接任，縣府以本校校地不易擴展，乃擇於馬公東衛新建校舍，稱為第一部，赤崁原址僅留兩班稱第二部。五十年冬，奉準第一部獨立為澎湖縣立馬公初級中學，盧校長續任，本校復原名為澎湖縣立白沙初級中學。六月一日，祁伯庸校長接掌本校，五十二年設立西嶼分校，五十七年二月西嶼分部獨立設校。五十五年八月到五十八年八月，吳錦明、胡福氣先生先後代理校長。五十八年八月，祁伯庸因案無罪復職。五十九年九月，蔡善郎接掌本校。六十五年三月，曾森達先生接掌本校僅半年之久。六十五年九月，證凱元接掌本校。六十九年九月，郭泮接掌本校。七十二年二月，謝乾坤接掌本校，謝校長再職十年七個月，為在任最久之校長。民國八十二年九月，陳耀明接掌本校。民國八十七年十月二十三日，許德便接掌本校，民國九十一年八月一日，孫仲篪接掌本校並於九十四年七月三十一日在本校退休。民國九十四年八月一日，顏文志接掌本校至今。
五十七年九月，開始實施九年國教，本校奉命改稱澎湖縣立白沙國民中學，同時，設立吉貝分部並籌建鎮海分部。民國六十三年及六十五年，鎮海分部、吉貝分部相繼獨立設校。民國七十九年設置鳥嶼分部，民國九十一年八月一日鳥嶼分部獨立設校。
本校歷經滄桑，經歷任校長慘澹經營，革新校務，落實教學正常化，並加強軟硬體設備發展學校特色，提昇學生學習興趣及生活品質，期防範少年犯罪，培養學生正常人格，雖是一所小型學校又地分兩處，但同學們在純樸漁村成長，都有著一股堅強刻苦耐勞之優良習性。
現任校長顏文志先生於九十四年八月到校，接掌校務之初，就期許學校同仁能夠營造快樂學習的環境，提昇學校學生的素質，讓學校成為師生知識成長的殿堂。
