本校前身原為澎湖廳立馬公高等女子學校，創立於民國32年。本省光復後第2年改制為臺灣省立馬公中學，校址位於馬公市中興里。高初中男女生兼收，並增設二年制簡師班。37年簡師班改四年制師範部。38年白沙、湖西、西嶼三所縣立初級中學合併於本校，一切漸趨規模。42年師範部停招。47年建分部於朝陽里。56年將本部與分部合併，完成遷建。57年實施九年國教，初中部逐年結束，增設家政班一班，畢業後停招。59年改制為臺灣省立馬公高級中學。61年增設商業經營科，兼具普通中學及職業學校性質。68年附設高級商業進修補校，80年增設延長國教春季班（後易名實用技能班），80年增設觀光事業科，81年增設美術班，86年增設音樂班，88年增設資料處理科，至89年2月1日改名為國立馬公高級中學。89年8月成立綜合高中，91年8月成立體育班。全校現有48班：普通科27班（含美術班3班、音樂班3班、體育班3班），觀光科3班，資料處理科3班，綜合高中12班、實用技能班3班，98學年度起逐年停招綜合高中，新增3班普通科及1班商業經營科。全校教職員工148人，學生約1467人，校區面積5.618公頃。
本校自光復以來，經歷任校長吳南、張振文、段世崑、鄭啟中、張開嶽、史麟生、高惠如、湯孝彬、鄭繼孟、王應祥、白文卿、楊壽喬、許朝智、汪沱、薛國忠、陳進福等先生之主持，並賴地方人士多方協助，暨全體歷任教師不斷之努力，始具現有規模。92年2月林亨華先生奉調回母校服務，深知稟承傳統，開創未來之責無旁貸，提出「立足鄉土，放眼世界」，培育馬中學子為兼具鄉土情懷與國際視野之二十一世紀新公民為辦學主軸，並以全人教育、終身學習、溫馨校園為目標立即著手規劃校園重建，於98年底竣工。
99年7月林校長榮退，8月薛東埠先生奉命接篆母校服務，深切體悟承先啟後之重任，接續校園人文藝術之耕耘，對母校邁向精緻卓越，有一份責無旁貸的使命感。爰以學生為主體，營造健康快樂、活力學習的優質環境，藉以提昇學校效能，達成「海洋馬高，精緻卓越」的學校願景，以「精進課業、品格為先」為主軸，開創多元學習、自主自律的學風、培育學生能夠關懷本土、具國際視野，提出十項戮力指標
（一）、秉持人本精神，推動全人教育，培養兼具人文素養與科學精神的健全民。
（二）、校務經營領導：以權變領導來推動學校校務，因應學校的需求與目標，
協調同仁的互助與合作，創造學校的價值與效能。
（三）、校務經營管理：走動式管理，著重實踐執行力，營造人性化校園，建立
親師生都能適性發展，自信、快樂學習、成長和生活。
（四）、校務民主決策：校務運作溝通多元，凝聚共識，以提高學校的整體效能。
（五）、校園學習氛圍：關懷生命尊嚴，培養學生良好的個性與群性，學習與自
己、社會和大自然和諧相處。
（六）、推展終身學習：加強生涯發展，培養學生自我發現與自我肯定，建構思想體系，規劃學習型人生，培養解決問題的能力。
（七）、學校社區經營：創造學校與社區「大家庭式」的和諧之教育生命共同體。
（八）、學校課程經營：兼顧多元文化，培養具鄉土情懷及國際視野的新好國民。
（九）、創建學習型學校：融合學習型組織理念，鼓勵親師生自我導向學習。
（十）、未來學校永續經營：建立馬高優質卓越品牌，規劃校園人文藝術藍圖，掌握時代脈動融入多元化、科技化、國際化的現代教育。
