本校創辦於民國二十六年三月十五日，原名『臺北市立家政女學校』，為當時唯一實施職業教育之市立女子學校。創校時值日據時期，校長為日人後藤武夫，校址設在臺北市內江街二號（即國立臺北護理專科學校現址）。學校組織課程內容均依日本學制，而學生多為日本女子：本省籍者為數甚少。
民國三十三年二月十八日改名為『臺北市立商業實踐女學校』，校址遷至大安區新生南路二段三十二號現址。
民國三十四年臺灣光復，同年十一月十九日，陳招治女士奉臺北市府令，接收本校，為光復後第一任校長，改校名為『臺北市立初級女子商科職業學校』，遵照我國學制，當時計有學生四六四名，其中日本籍有一二二名。
民國三十五年二月九日，校舍復由大安區新生南路遷至仁愛路一段舊旭國民學校（現東門國小），並改組為『臺北市立女子初級中學』，改授普通中學課程。同時遣回日本學生，因此學生人數甚少，乃另招插班生，學生回增至三百餘名。
民國三十六年九月一曰，陳招治校長因病離職，市府派前省立高雄中學校長林景元先生接掌校務。
民國三十八年八月林校長榮調教育廳督學，臺北市府即派施學習先生出掌本校，學生數也日益增多。
民國三十九年秋，開始招收高中新生，四十一年九月正式奉准立案，至此乃成為一完全中學，並定名為『臺北市立女子中學』。
民國四十三年秋，奉令增設夜間部，翌年復於桃園龜山增設分部，招收初中新生。迄至市辦初中之前，全校高初中總班級數已增至七十三班，學生數超過四千人，後為解決校舍不敷問題，於四十七年八月，再度遷返新生南路現址。連年興建家政、科學、社教、萬能大樓各一幢。五十年夏，臺北市奉令實施省辦高中、市辦初中：當時高中學生除應屆畢業生外，均由北一女、北二女等省中接辦，本校則招收初中部女生，校名仍為「臺北市立女子中學」，是初中聯考時代的第一志願。
因應九年國教開辦，五十七年夏，更改校名為「臺北市立金華女子國民中學」。
民國五十八年八月一日施校長榮退，府派王祥鑑先生接掌本校，六十七年二月一日王校長榮升復興高中，臺北市政府選派林校長金練先生調掌本校，又於七十七年八月一日榮調仁愛國中，臺北市府則調派鍾校長明樟先生接掌本校。
民國七十八年八月起本校兼收男生改名為「臺北市立金華國民中學」。八十三年二月一曰鍾校長榮調和平高中，滕校長春興奉派接掌校務，八十五年七月三十一日滕校長榮退，赴大學任教，同年八月六日周校長韞維調任本校校長。
民國八十八年八月周校長榮升西松高中校長，八月二十日張岳仁校長，調任本校成為金華國中第九任校長。
民國九十二年七月卅一日張校長榮退，八月一日陳校長美枝接掌本校擔任第十任校長。九十六年七月三十一日陳校長榮退。
民國九十六年七月卅一日陳校長榮退，八月一日黃校長景生接掌本校擔任第十一任校長。
