1941年在上海成立，当时名称为私立正德技术职业学校；1946年更名为南山职业学校，而学校正式成立的年份也是以此为基准。
1949年由大陆撤退至台湾，暂停办校。
1957年6月在台湾复校，并奉准立案，校址座落于台北县中和乡瓦磘村（今中和市瓦磘里与枋寮里一带），设置电机科、土木科、纺织科，并定名为私立南山工业职业学校，招收初级部与高级部学生[1]。1958年附设工业补习学校。
1961年增设综合商业科，更名为私立南山商工职业学校；1968年因实施九年国教而停办初中部。
1971年更名为私立南山高级商工职业学校。
1976年增设美术工艺科；1987年增设资讯科；1988年增设广告设计科，美术工艺科同时停办。
1989年美术工艺科恢复招生，广告设计科、综合商业科、国际贸易事务科等3科停止办理；另外增设幼儿保育科、美容科，南山幼儿园同时成立。
1991年增设普通科，三年后改制普通高中，校名再更改为私立南山高级中学，同时国中部恢复办理。
997年增设资料处理科，美容科及补校停办。
2000年开办中和社区大学。
2001年成立国中部音乐艺能班，商业经营科停办。
2002年国中部增设数理资优班。
2007年南山高中男子篮球队赢得95学年度HBL总冠军。
2008年南山高中男子篮球队赢得96学年度HBL总冠军，首度连续二年夺冠。
2009年南山高中男子篮球队赢得97学年度HBL季军。
2010年南山高中男子篮球队赢得98学年度HBL季军。
2010年上海创校64周年，在台复校54周年校庆“南山六四荣耀一世”
2011年上海创校65周年，在台复校55周年校庆“南山六五风华”
